چنانچه ارزش معاملاتی کالای وارد شده را نتوان بر اساس ارزش معاملاتی کالای همسان تعیین کرد، طبق ماده 3 موافقت نامه، ارزش معاملاتی کالای مشابه ملاک عمل قرار خواهد گرفت. کالای مشابه به معنای کالایی است که اگرچه از همه جهات همانند کالای تحت ارزشگذاری گمرکی نیست، لیکن خصوصیات فیزیکی و کیفی و مواد تشکیل دهنده همانندی دارد که آن کالارا قادر می سازد وظایف مشابهی را انجام داده و از نظر تجاری قابلیت جانشینی کالای اصلی را داشته باشد. کیفیت کالا، شهرت و علامت تجاری از جمله عواملی است که در تشخیص اینکه یک کالا مشابه است یا نه مورد بررسی قرار می گیرد.

• تعیین ارزش گمرکی کالا با روش نقصانی یا قیاسی

به موجب ماده 5 موافقت نامه ارزش گمرکی کالا در این روش مبتنی بر قیمت واحدی از کالای وارد شده یا کالای همسان یا مشابه آن خواهد بود که بیشترین حجم فروش در آن قیمت در کشور وارد کننده (بازار داخلی) اتفاق افتاده باشد. بدیهی است این قیمت فروش نیز باید مربوط به دامنه معقولی از زمان ورود کالا و نزدیکترین زمان به تاریخ ورود آن بوده و بیش از 90 روز از تاریخ ورود کالا نگذشته باشد و نیز اولین سطح تجاری بعد از ورود(عمده فروشی) مبنا قرار گیرد. در روش نقصانی پس از مبنا قرار دادن قیمت مذکور (قیمتی که بیشترین حجم فروش کالا با آن قیمت صورت گرفته است) از آنجا که نقطه آغاز در محاسبه ارزش نقصانی کالا، قیمت فروش در کشور وارد کننده است، لذا کلیه هزینه ها و پرداخت هایی که از زمان ورود کالا به گمرک تا رسیدن آن به بازار (عمده فروشی) به کالا تعلق گرفته و موجب افزایش قیمت آن شده است بایستی از قیمت مذکور کسر گردد.

• تعیین ارزش گمرکی کالا با روش محاسباتی

در این روش به جای اینکه قیمت فروش کالای وارد شده یا کالای همسان و مشابه آن در بازار داخلی کشور وارد کننده مبنا قرار گیرد، هزینه های تولید کالا و سایر هزینه ها و مخارج و سود متعارف در کشور صادر کننده که معمولا در قیمت فروش کالا منعکس است مد نظر قرار می گیرد. شایان ذکر است که این قیمت فروش صرفا قیمت فروش برای صادرات به همان کشور وارد کننده بوده و به هیچ وجه قیمت های فروش بازار داخلی کشور صادر کننده یا قیمت فروش صادراتی به مقصد سایر کشورها نمی تواند مبنا قرار گیرد(ماده 6 موافقت نامه). (امید بخش، 1389، ص 332) همانطور که بیان شد تعیین ارزش گمرکی بر اساس روش های فوق باید به همان ترتیبی انجام شود که در موافقت نامه ذکر شده است، مگر در مورد روش های چهارم و پنجم که فقط با درخواست وارد کننده کالا (نه گمرکات) امکان جابه جایی آن وجود دارد. یعنی می توانیم طبق شرایط فوق، قبل از اعمال روش چهارم روش پنجم را اعمال کنیم.

• تعیین ارزش گمرکی کالا با روش توسل به روش های قبل

اگر نتوان ارزش گمرکی کالای وارد شده را طبق مقررات مواد 1 تا 6 موافقت نامه(روش های فوق) تعیین کرد، ارزش گمرکی با بهره گرفتن از طرق معقول سازگار با اصول و مقررات عمومی موافقت‌نامه ارزشگذاری گمرکی  و ماده 7 گات 1994 و بر مبنای داده‌های موجود در کشور وارد کننده کالا تعیین خواهد شد (ماده 7 موافقت نامه). ارزش گذاری گمرکی در مورد کالاهای وارداتی در ایران به موجب ماده 14 قانون امور گمرکی(مصوب 1390) صورت می گیرد: « ارزش گمرکی کالای ورودی در همه موراد عبارت است از ارزش بهای خرید کالا در مبدأ به اضافه هزینه بیمه و حمل و نقل (سیف) به اضافه سایر هزینه هایی که به آن کالا تا ورود به اولین دفتر گمرکی تعلق می گیرد که از روی سیاهه خرید یا سایر اسناد تسلیمی صاحب کالا تعیین می شود و بر اساس برابری نرخ ارز اعلام شده توسط بانک مرکزی در روز اظهار است.» همچنین در صورتی که امکان تعیین ارزش گمرکی کالا بر اساس ارزش معاملاتی آن امکان پذیر نباشد به موجب ماده 15 این قانون ارزش کالا بر اساس مبنای یکی از روش های ذیل تعیین می شود: الف) سوابق کالای مثل همزمان از همان کشور مبدأ ب) سوابق ترخیص کالای مشابه همزمان از همان کشور مبدأ پ) قیمت فروش همان کالا در بازار داخلی پس از تعدیل های لازم