در ماده ی 9  همین قانون نیز دعوای نقض حقوق مورد حمایت قانون را در مورد اختراع با تقاضای ثبت ممکن می داند و در موارد دیگر تاییدیه فنی در ماده ی 8  بایستی صادر شده باشد . همان طور که ملاحظه شد و مواردی که به آن استناد شد معلوم می شود قانون گذار قصد در برقراری نظامی مستقل در حمایت از نرم افزارها را داشته است . در مواردی اگر شرایط اختراع را داشته باشند آن ها را اختراع محسوب کرده و در موارد دیگر حمایتی متفاوت از آثار ادبی و هنری برای آن ها برقرار کرده است . قانون گذار در سال 1379  با توجه به تفاوت ها و شباهت هایی که در مورد آثار ادبی و هنری و نرم افزارها وجود داشت ، حمایتی ازنرم افزارها به عمل آورده که به صورت کامل تمام نظام های حق اختراع و حق مولف را در بر می گیرد و با اعمال   تفاوت هایی که ذکر شد در نهایت منجر به نامی مستقل می شود . در اواخر قانون 1379 و در ماده ی 16  ق ح ح پ ن  بیان می دارد : « حقوق مذکور در ماده ی 1  در صورتی مورد حمایت این قانون خواهد بود که موضوع برای نخستین بار در ایران تولید و توزیع شده باشد . » قانون گذار با توجه به حکم این ماده نخواسته است حمایت تحت عنوان آثار ادبی و هنری را به طور کامل فراموش کرده و قاعده ای که در ماده ی 22  ق ح ح م م ه آورده را در این قانون هم تکرار کرده است . پس از بیان چهارچوب کلی حمایت از نرم افزارهای رایانه ای در حقوق ایران بایستی به نشانه های حمایت مستقل از حق مولف از نرم افزارها به طور مبسوط پرداخت . نشانه های حمایت مستقل از حق مولف در مورد نرم افزار ها به شرح زیر می باشد : 1 . اختراع پذیری در مورد نرم افزارها : همان طور که پیش از این نیز به صورت مختصر توضیح داده شد قانون 1379  در ماده ی 2  به صراحت بیان داشته اگر نرم افزاری شرایط مقرر در قانون ثبت علایم و اختراعات را داشته باشد به عنوان یک اختراع قابل شناسایی است [116] . شرایط مقرر در قانون ثبت علایم و اختراعات همان طور که قبلا هم بررسی شد جدید بودن ، کاربرد صنعتی داشتن ، بدیهی نبودن و مفید بودن است . در این که آیا نرم افزاری وجود دارد که بتواند تمامی این شرایط را داشته باشد تا به عنوان اختراع شناخته شود تردید هایی وجود دارد . کاربرد صنعتی داشتن یکی از مواردی است که مورد اختلاف می باشد یعنی کاربرد داشتن در صنعت با توجه به ماهیت نرم افزارها امکان عملی دارد یا خیر ؟ برخی به این سوال پاسخ داده اند و ذکر                می کنند که زمانی که نرم افزار به عنوان موتور محرکه ی یک سیستم سخت افزاری کار می کند که این سیستم سخت افزاری می تواند کاربرد صنعتی داشته باشد و حتی به عنوان اختراع شناخته شده باشد دیگر نمی توان تفکیکی میان این دو قائل شد و سخت افزار را به عنوان یک اختراع شناخت اما نرم افزار را به دلیل این که ماهیتی ریاضی دارد از حیطه ی اختراع خارج دانست . صرف نظر از درست بودن یا نبودن این مطلب نبایستی کاربرد صنعتی را محدود به ابزار و وسایل دانست و صرف این که نرم افزاری بتواند در قسمتی از صنعت نقش ایفا کند و صنعت را به جلو ببرد آن را بایستی قابل حمایت تحت نظام حق اختراع دانست . البته تطبیق این شرایط با نرم افزارها طبق ماده ی 10       ق ح ح پ ن  به وسیله ی کمیته ی حق اختراع که زیر نظر شورای عالی انفورماتیک متشکل از سه   کارشناس ارشد نرم افزار به عنوان نمایندگان شورای عالی انفورماتیک ، نماینده ی سازمان ثبت اسناد و املاک کشور و یک کارشناس حقوقی به انتخاب شورای عالی انفورماتیک می باشد ، انجام می شود . 2 . عدم رعایت حقوق پدیدآورندگان واسط : یکی دیگر از نشانه های حمایت مستقل از حقوق مولف از نرم افزارها این است که به پدیدآورندگانی که با اقتباس از پدیدآورندگان دیگر دست به خلق اثر می زنند و این نرم افزارها مکمل و سازگار با دیگر  نرم افزارها  نیستند حق داده بدون این که نیاز به اخذ مجوز از پدیدآورندگان سابق داشته باشند بتوانند از حقوق نرم افزار پدید آمده توسط خودشان بهره مند شوند این در حالی است که در نظام حق مولف پدیدآورندگانی که می خواستند با اقتباس از هر اثر دیگر و به هر شکل اثری را پدیدآورند می بایستی از پدیدآورنده ی قبلی اجازه ی اقتباس می گرفتند و تنها حقوق مادی به پدیدآورنده ی جدید تعلق              می گرفت[117] . ماده ی 4   ق ح ح پ ن  در این مورد عنوان می دارد : « حقوق ناشی از آن بخش از نرم افزاری که به واسطه نرم افزارهای دیگر پدید می آید متعلق به دارنده ی حقوق نرم افزارهای واسط نیست . »

3. عدم حمایت از کپی برداری با هدف های آموزشی و مقاله های علمی :

در مورد حمایت از حقوق مولفان مواردی وجود داشت که مقاصد آموزشی و علمی بر حمایت از حقوق مولف برتری داده شده بودند و قانون گذار تحت عنوان استثنائات حمایت از حقوق مادی برخی مقاصد را باعث نادیده گرفتن حق مولف می دانست اما در مورد نرم افزارهای رایانه ای این امر نادیده گرفته شده و نفع جامعه بر نفع شخصی پدیدآورنده برتری داده نشده است قانون گذار با برقراری حمایتی قاطع  کپی برداری را فقط به تهیه ی نسخه ای دانسته که علاوه بر این مورد که بایستی نسخه ی اصلی به طریق مجاز تهیه شده باشد و به