بنابراین بازرسان آژانس، هر تخلف از تدابیر پادمانی را به دبیر کل آژانس گزارش می دهند و وی نیز گزارش مذکور را به شورای حکام تسلیم خواهد کرد. شورای حکام پس از تایید،‌مراتب را به شورای امنیت و مجمع عمومی سازمان ملل متحد و حتی سایر کشورهای عضو گزارش خواهد داد. در صورتی که کشور متخلف در مدت معقولی،‌اقداماتی جهت رفع تخلف ننماید،‌شورای حکام می تواند یکی از اقدامات زیر یا هر دو را در آن واحد علیه کشور متخلف معمول دارد: الف- تقلیل یا تعلیق کمک هایی که از طرف آژانس یا یکی از اعضا فراهم گشته است. ب- تقاضای اعاده مواد و تجهیزاتی که در اختیار یک عضو یا گروهی از اعضا گذارده شده است. ضمنا آژانس می تواند استفاده از امتیازات و حقوق ناشی از عضویت در آژانس را در مورد عضو متخلف به حالت تعلیق در آورد. در صورت به توافق نرسیدن آژانس و شورای حکام با عضو مزبور و گزارش موضوع به شورای امنیت سازمان ملل، شورای امنیت پس از بررسی موضوع و انجام اقدامات ابتدایی از قبیل مذاکره و ارائه پیشنهاد و توصیه به کشور مزبور، در صورت به نتیجه نرسیدن مذاکرات، بر اساس فصل هفتم منشور ملل متحد تحت عنوان نقض صلح و امنیت بین المللی و بر اساس مواد 39 و 40 و 41 منشور، قطعنامه ای را علیه کشور مزبور صادر و یکسری تحریم ها و محدودیت های سیاسی و اقتصادی را اعمال خواهد نمود و حتی ممکن است بر اساس موضوع مبتلابه اقدام به اتخاذ تصمیمات عملی همچون مداخله نظامی نیز بنماید. با وجود موارد ذکر شده فوق، هانس بلیکس- مدیر کل سابق آژانس گفته است: “کاملا واضح است که هیچ نظام نظارتی بین المللی نمی تواند به صورت فیزیکی مانع استفاده نامشروع از تکنولوژی هسته ای یا آشکار نمودن برنامه های هسته ای مخفی و اظهار نشده کشورها شود، آژانس غیر از یک ساز و کار بازرسی، قدرت اجرایی لازم دیگری ندارد. از طرف دیگر آژانس قدرت الزام آور کشورها به امضای معاهده ان پی تی یا معاهدات مشابه را ندارد.”[82] از جنبه دیگر و طبق بند الف از ماده 17 اساسنامه آژانس،‌هر مساله یا اختلافی که مربوط به تفسیر یا اجرای اساسنامه پیش آید و از طریق مذاکره حل و فصل نگردد قابل ارجاع به دیوان بین المللی دادگستری،‌بر طبق اساسنامه دیوان مزبور می باشد مگر اینکه طرفین اختلاف به روش دیگری، برای حل این اختلاف توافق نمایند. بنابراین چنانچه یکی از دولت های عضو احساس نماید مصوبه ای از شورای حکام، خلاف مقررات صادر گردیده یا فراتر از قواعد و مقررات مرتبط موجود است، می تواند از آژانس یا شورای حکام، نزد دیوان بین المللی دادگستری شکایت نماید. (این صلاحیت ناظر به صلاحیت مشورتی دیوان می باشد زیرا همانطور که در اساسنامه دیوان آمده است تنها علیه کشورها می توان اقامه دعوا نمود). بند سوم: دبیر خانه و دبیر کل الف: دبیرکل به عنوان یکی از ارکان آژانس اساسنامه به طور صریح ارکان آژانس را احصاء نکرده است، با این حال اگر کنفرانس عمومی و شورای حکام را به درستی به عنوان ارکان آژانس قلمداد کنیم، با اینکه دبیرکل دارای اختیارات بسیار محدودی می باشد می توانیم آن را به عنوان یک رکن در کنار دبیرخانه در نظر بگیریم. واژه دبیرخانه هیچگاه در اساسنامه به تنهایی بکار نرفته است و به دنبال آن همیشه واژه دبیرکل آمده است. لازم به ذکر است که دبیرکل به عنوان عضوی از کارمندان دبیرخانه محسوب نمی شود بلکه او و کارمندان با یکدیگر دبیرخانه را تشکیل می دهند.[83] ب: انتخاب دبیرکل دبیرکل بنا به پیشنهاد شورای حکام و با تصویب کنفرانس عمومی برای یک دوره 4 ساله انتخاب می شود. حد نصاب لازم برای پیشنهاد توسط شورای حکام اکثریت دو سوم آراء است. و برای تصویب در کنفرانس عمومی اکثریت ساده لازم است. اولین مرحله در انتصاب دبیرکل لزوما شامل رایزنی های غیر رسمی در میان دولت ها است که برای یافتن کاندیدای مورد قبول اکثریت می باشد که احتمالا از طریق نمایندگی های کشورها در وین صورت می پذیرد. مرحله بعد بررسی و تصمیم گیری توسط شورای حکام می باشد. بر اساس رایزنی های صورت گرفته یک یا چند کاندیدا به طور رسمی به شورای حکام معرفی می شود و سپس کنفرانس عمومی فرد پیشنهاد شده را بررسی و مورد تصویب قرار می دهد. پس از تصویب کنفرانس عمومی دبیرکل منتخب باید در جلسه کنفرانس عمومی سوگند بخورد.[84] ج: وظایف و اختیارات یک دبیر کل در راس کارمندان آژانس قرار دارد و عالی ترین مامور اداری موسسه می باشد. دبیرکل مسئول انتصابات و سازمان و انجام وظیفه از طرف کارمندان می باشد و تحت اختیار و نظارت شورای حکام قرار دارد. دبیرکل وظایف خود را طبق مقرراتی انجام خواهد داد که از طرف شورای حکام وضع شده باشد. دبیر کل با نظارت مستقیم بر شش دایره مختلف شامل انرژی هسته ای، امنیت هسته ای، علوم هسته ای، محافظت، همکاری های فنی و مدیریت، در مجموع مجری سیاست های آژانس جهانی انرژی اتمی به شمار می رود.