این آنالیز براساس alignment و مقایسه توالی های حاصل از sequencing در افراد بیمار با توالی های افراد طبیعی صورت می گیرد. این کار توسط نرم افزارهای مختلفی صورت می گیرد. نرم افزارهای مورد استفاده در این آنالیز Gene Runner وCodon code بودند.

Codon code برنامه ای است که نتایج sequencing را با الگو مرجع^[۶۶] مقایسه و بررسی می کند. از طریق برنامه gene runner تاثیرات تغییرات نوکلوتیدی را روی توالی اسید آمینه می توان بررسی کرد.
فصل چهارم
تجزیه و تحلیل و بیان نتایج حاصل از تحقیق
در این تحقیق ۱۰۰ خانواده از نقاط مختلف جمع آوری شدند. کل خانواده هایی که در این طرح مورد بررسی قرار گرفته اند، دارای ناشنوایی غیرسندرمی با توارث اتوزومی مغلوب بودند.
۴-۱ نتایج حاصل از مطالعات آنالیز پیوستگی
۴-۱-۱ مارکرهای دارای فرکانس آللی بالا تر
فرکانس آللی مارکرهای ژنتیکی در هر جمعیت با جمعیت دیگر متفاوت است. از آن جایی که تنوع آللی این مارکرها در جمعیت ایران بررسی نشده است، در ابتدا می بایست این تنوع به طور تقریبی در ایران مشخص شود. به همین منظور ۱۰ فرد غیر خویشاوند سالم انتخاب شد. سپس هر کدام از این مارکرهای STR انتخاب شده، به کمک روش ^[۶۷]PAGE مورد بررسی قرار گرفتند و مارکرهایی که دارای هتروزیگوسیتی بالاتردر جمعیت ایران بودند، اولویت داشتند.
بر این اساس برای هر جایگاه بهترین مارکرها انتخاب و در انجام آنالیز پیوستگی مورد استفاده قرار گرفتند.
در اینجا یک نمونه از عکس ژل پلی آکریل آمید که برای مطالعه فرکانس آللی گذاشته شده است را مورد بررسی قرار می دهیم.
شکل زیر مربوط به مارکر D1S1570 در جایگاه GJB4 می باشد. همانطور که در عکس ژل پلی اکریل آمید مشخص است، این مارکر دارای هتروزیگوسیتی مناسبی است و در ۱۰ نمونه انتخابی می توان آلل های مختلفی را برای این مارکر مشاهده کرد. بنابراین در مطالعات بر روی خانواده ها، این مارکر برای آنالیز پیوستگی در اولویت قرار گرفت.
شکل شکل ۴-۱ ژل پلی آکریل آمید مربوط به تعیین هتروزیگوسیتی مارکرD1S1570
به این ترتیب مارکرهای انتخاب شده در هر جایگاه اولویت بندی شده و مورد استفاده قرار گرفتند که به شرح زیر است:
ژن GJB4
۱)D1S1570 2)D1S496 3)D1S195
ژن GJC3
۱)D7S2498 2) D7S2480 3) D7S477 4) D7S2432
ژن SLITRK6
۱)D13S251 2)D13S253 3)D13S282
ژن SERPINB6
۱)D6S1617 2)D6S1713 3) D6S344
ژن CABP2
۱)D11S1889 2)D11S4155 3)D11S1296
ژن OTOGL
۱)D12S1297 2)D12S64 3)D12S824
ژن NESP4
۱)D19S876 2)D19S909 3)ATA57C01
۴-۱-۲ نتایج آنالیز پیوستگی در خانواده های ناشنوا با توارث مغلوب
نتایج آنالیز پیوستگی و تعیین توالی برای ۱۰۰ خانواده مبتلا به قرار زیر است:
دو خانواده به ژن GJB4(خانواده هایL-304 و L-3082) پیوستگی نشان دادند ولی در تعیین توالی مستقیم آنها جهشی مشاهده نشد.
شش خانواده به ژن GJC3 (خانواده ها L-369 ،L-342 ،L-1902،L-8700225 ، L-1649 و L-353) پیوستگی نشان دادند ولی در تعیین توالی مستقیم آنها جهشی مشاهده نشد.
یک خانواده به ژن SLITRK6 (خانواده هایL-346) پیوستگی نشان داد ولی در تعیین توالی مستقیم آنها جهشی مشاهده نشد.
هشت خانواده به ژن NESP4 (خانواده L-362، L-1108،L-1985t ، L-346، L-1115، L-1731، L-1363، L-3163و L-1385) پیوستگی نشان دادو تعیین توالی مستقیم آن در دست اقدام است.
یک خانواده به ژن SERPINB6 (خانواده L-1731,) پیوستگی نشان داد و تعیین توالی مستقیم آنها در دست اقدام است.
دو خانواده به ژن CABP2 (خانواده های L-822وL-3163 ) پیوستگی نشان دادند و تعیین توالی مستقیم آنها در دست اقدام است.
شش خانواده به ژن OTOGL (خانواده های L-342، L-8700187، L-1346، L-3137، L-3138 وL-348 ) پیوستگی نشان دادند و تعیین توالی مستقیم آنها در دست اقدام است.
۴-۱-۳ خانواده L-3082 و ژن GJB4
ژل های پلی آکریل آمید خانواده L-3082 که به ژن GJB4 پیوستگی نشان داد. از میان مارکرهای مورد استفاده دو مارکر به جایگاه مورد نظر پیوستگی نشان دادند.
شکل ۴-۲ شجره خانواده L-3082
شکل ۴-۳ مارکرD1S1570 که به این ژن پیوستگی نشان داد. F:پدرM :مادر P: پروباند A: فرزند بیمار N : فرزند سالم
شکل ۴-۴ مارکرD1S496 که به این ژن پیوستگی نشان داد. F:پدرM :مادر P: پروباند A: فرزند بیمار N : فرزند سالم
شکل ۴-۵ مارکرD1S195 که به این ژن پیوستگی حاوی اطلاعات مفید نشان نداد.