اپیدمیولوژی جهانی اسینتوباکتر بومانی:

در بیمارستان های آسیا و شرق میانه شیوع فراوانی از اسینتوباکتر گزارش شده است. میزان مقاومت در نمونه های Sentry در سال 2001 تا 2004 از 25% برای ایمی پنم و مروپنم،40% برای سفی پیم و سفتازیدیم، 40% برای آمپی سیلین-سولباکتام، 35% برای آمیکاسین و 45% برای سیپروفلوکساسین تجاوز می کرد.

2-27. روش مولکولی دخیل در بررسی باکتری های مولد آنزیم های بتالاکتاماز وسیع الطیف:

در حال حاضر، وظیفه ی تعیین هویت یک باکتری با قدرت تولید ESBL اختصاصی در نمونه های بالینی، بسیار پیچیده و حیاتی می باشد زیرا آزمایشات مجاورت دو دیسک، ترکیب دو دیسک و MIC با نوارهای E-test تنها به طور احتمالی وجود یک باکتری تولید کننده ESBL را روشن می کند.

در مطالعات اولیه معمولا تعیین نقطه ی ایزو الکتریک برای تعیین ESBL کافی بود و اکنون با وجود بیش از 172 نوع آنزیم تیپ TEM که بسیاری از آنها دارای نقطه ایزو الکتریک نزدیک به هم دارند این روش به تنهایی برای مدت طولانی مناسب نخواهد بود و این موضوع در ارتباط با آنزیم های تیپ bla_VIM و bla_NDM  نیز صدق می کند، بنابراین روش های دیگری نیز در دسترس می باشند.

روش های ژنوتایپینگ شامل روش های مبتنی بر PCR و غیر مبتنی بر PCR می باشند.

الف- روش های مبتنی بر PCR :

• Multiplex PCR
• Revers transcriptase PCR
• Real Time PCR
• Nested PCR

ب- روش های غیر مبتنی بر PCR :

• الیگو تایپینگ
• ریبو تایپینگ
• پروب ژنی
• پروفایل پلاسمیدی
• RAPD
• AFLP
• PFGE
• RFLP
• MLST

2-27-1. واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR):

تکنیک PCR در سال 1984 توسط کری مولیس ارائه شده است و امروزه به عنوان یک ابزار مهم در فعالیت های تحقیقاتی و بالینی محسوب می شود.

PCR برای تکثیر بخش های خاصی از مولکول DNA مورد استفاده قرار می گیرد این بخش ها ممکن است یک ژن کامل یا قسمتی از یک ژن یا سکانس های بین ژن ها باشند در بسیاری از روش های PCR قطعات DNA های هدف حداکثر 10 کیلو جفت باز(KB) دارند اگر چه در بعضی از روش های خاص قطعات بزرگتر حتی تا Kb40 را هم می توان تکثیر کرد.

بعضی از کاربردهای PCR شامل کلونینگ DNA به منظور تعیین توالی، فیلوژنی بر اساس DNA آنالیز عملکردی ژن ها، تشخیص بیماری های ارثی، انگشت نگاری ژنتیکی در تعیین والدین و جرم شناسی و تشخیص بیماری های عفونی می باشند.

در روش PCR سیکل های دمایی ایجاد می شود ابتدا با ایجاد حرارت و رساندن دمای محلول به نقطه ذوب DNA دو رشته DNA از هم جدا می شوند. در مرحله بعد با کاهش دما یک آنزیم DNA پلیمراز فعال شده عمل همانند سازی را انجام می دهد. DNAپلیمراز آنزیمی است که با بهره گرفتن از نوکلئوتیدها (مصالح ساختمانیDNA ) و رشته الگو و یک قطعه پرایمر قادر به همانند سازی است.

صحت نتایج PCR بستگی به انتخاب پرایمر مناسب دارد، پرایمرها قطعات کوچک پلی نوکلئوتیدی هستند و در آزمایشگاه به گونه ای طراحی و سنتز شده اند که دارای سکانس نوکلئوتیدی مکمل با ناحیه ^/3 در مولکول DNA مورد نظر هستند. بنابراین به طور اختصاصی فقط به این مولکول ها متصل می شوند چون آنزیم DNA پلیمراز به قطعات پرایمر متصل می شود در نتیجه فقط مولکول DNA هدف همانند سازی و تکثیر می گردد.

با اعمال تغییرات دمایی به طور متوالی و برنامه ریزی شده روند PCR تکرار گردیده و در هر مرحله DNA دو برابر می شود بنابراین تعداد مولکول های DNA به صورت تصاعدی و به نسبت 2n  افزایش    می یابد که n تعداد سیکل های دمایی است مثلا یک مکولکول DNA پس از 20 سیکل به 586/047/1 مولکول تکثیر می شود. در مرحله همانند سازی برای جدا نگه داشتن دورشته DNA باید دمای محلول بالا باشد بنابراین از یک نوع آنزیم DNA پلیمراز مقاوم به حرارت استفاده می شود. اولین آنزیم که بدین منظور مورد استفاده قرار گرفت Polymerase Taq بود که از باکتری Thermus aquaticus بدست می آید.