WCO و برنامه محیط زیست ملل متحد، در سال 2003 یک تفاهم نامه امضاء کردند. از سال 2001، WCO یکی از فعال ترین شرکاء «طرح های ابتکاری گمرک سبز» که عبارت از مجموعه ای از فعالیت های مشترک توسط سازمان های همکار، هماهنگ شده به وسیله UNEP و به منظور افزایش آگاهی ماموران گمرکی نسبت به مافقت نامه های چند جانبه محیط زیستی مربوط به تجارت می باشد، بوده است. این دو سازمان به منظور مبارزه با تجارت غیر قانونی مواد تخریب کننده لایه اوزون، همکاری نزدیکی دارند. همچنین دفاتر رابط اطلاعات منطقه ای (رایلوها) نیز، طرح های ابتکاری دفاتر منطقه ای یونپ را حمایت وپشتیبانی می کنند. 10-دبیر خانه کنوانسیون تجارت بین المللی گونه های جانوری و گیاهی در حا ل انقراض (CITES) دبیرخانه WCO بر ا ساس تفاهم نامه امضاء شده در سال 1996، با دبیرخانه CITES به منظور اجرای این کنوانسیون، ارتباط کاری طولانی مدتی دارد. یک گروه کاری مشترک در سال 1996 تشکیل گردید، مواد آموزشی لازم به طور مشترک تهیه شده و به گمرکات کشورها عرضه شده است، سمینارها و کارگاه های آموزشی برای آموزش کارکنان گمرکات به طور مشترک سازماندهی شده است. دبیرخانه های دو طرف در نوامبر 2006، اجرای یک پروژه مبادله اطلاعات درباره کشفیات عاج فیل را آغاز کرده اند. 11-سازمان جهانی بهداشت (WHO) WCO و سازمان جهانی بهداشت، در زمینه مسائلی نظیر داروهای تقلبی و آنفلونزای مرغی با یکدیگر همکاری دارند. دبلیو سی او یکی از اعضای فعال پروژه ستاد مقابله با داروهای تقلبی، هماهنگ شده به وسیله سازمان جهانی بهداشت است. 12-آژانس بی المللی انرژی اتمی(IAEA) ارتباط کاری بین WCO و آژانس بین المللی انرژی اتمی در خصوص اتخاذ تدابیر تاکتیکی و استراتژیک جهت مقابله با معامله غیر قانونی مواد هسته ای ورادیو اکتیو، به همراه تسهیلات مبادله اطلاعات، منتهی به ایجاد یک تفاهم نامه در می 1998 گردید. این امر چارچوبی برای ترغیب همکاری در سطح ملی بین ادارات ملی گمرکات کشورها و سازمان های قانونی مسئول جهت کنترل مواد اتمی و رادیواکتیو، فراهم نموده است. 13-شورای بین المللی موزه ها (ICOM) به منظور مقابله با معاملات غیر قانونی دارایی های فرهنگی، WCO و شورای بین المللی موزه ها تفاهم نامه ای امضاء کرده اند که به آن ها اجازه می دهد تا هر کدام در حوزه کاری خویش، اقداماتی جهت همکاری و مبادله اطلاعات انجام دهند. پیش بینی می شود که مقامات گمرکی و مقامات عضو شورای بین المللی موزه ها، با این دیدگاه که تجزیه و تحلیل و ثبت تخلفات می تواند به خدمات گمرکی موثر در این زمینه کمک نماید، چنین اقداماتی را جامعه عمل بپوشانند. 14-سازمان آموزشی، علمی و فرهنگی ملل متحد(UNESCO) با دیدگاه مبارزه با ترافیک غیر قانونی دارایی های فرهنگی، WCO و یونسکو به منظور تعیین و اجرای روش ها و وسایل ارتقاء همکاری در حوزه صلاحیت کاری خویش، یک تفاهم نامه امضاء کرده اند. این تفاهم نامه، مبادله اطلاعات بین مقامات گمرکی ومقامات صلاحیت دار ملی به رسمیت شناخته شده توسط یونسکو، به منظور حفاظت از میراث فرهنگی و ارتقاء کارآیی تحقیقات و اطلاعات حاصل شده از طریق خدمات بازرسی را پیش بینی می کند. 15-مرکزمنطقه ای مبارزه با جرائم فرامرزی طرح ابتکاری جنوب شرق اروپا، به عنوان ایده همکاری منطقه ای در ماه می 1995 در وین اتریش، پایه گذاری شده است. آلبانی، بوسنی و هرزگوین، بلغارستان، کرواتی، یونان، مجارستان، مولداوی، مونتنگرو، مقدونیه، رومانی، صربستان، اسلوونی وترکیه کشورهای عضو مرکز منطقه ای مبارزه با جرائم فرامرزی می باشند. براساس این طرح، گمرک و نیروی انتظامی (پلیس ) به موجب پروژه  همکاری دو جانبه، همکاری مستقیمی با یکدیگر دارند. به جهت آن که این طرح یک همکاری سیاسی نیست، بلکه یک تشریک مساعی برای مبارزه عملی با جرائم فرامرزی است، لذا این مرکز منطقه ای تحت راهنمایی ها، مشاوره ها و راهبری اینترپول و دبلیو سی او، فعالیت می کند. WCO برای اهداف زیر طرح های ابتکاری منطقه ای را حمایت می کند:

• مقابله با تخلفات گمرکی