سیستم­هایBPM  وBPR  در سازمان نقش­های یکسانی ندارند؛ چرا­کهBPR  خواستار نابودی رادیکال فرآیندهای کسب­وکار موجود است وBPM  از فرآیند­های موجود با برنامه ­ریزی عملی­، تکرار شونده و افزایشی به وضع مطلوب می­رسد [34]. 2-8– سیستم مدیریت گردش کاری: سیستم مدیریت گردش کار، سیستمی تعریف می­شود که اجرای گردش کار را تعریف، ایجاد و مدیریت می­ کند و با بهره گرفتن از یک نرم­افزار و یک یا چند موتور گردش کار، قادر به تعریف و تفسیر فرآیندها و تعامل با  کاربران در گردش کار می­باشد و در صورت نیاز، با بهره گرفتن از فن­آوری اطلاعات ابزارها و برنامه ­های کاربردی را فراخوانی می­ کند [16]. 2-8-1- معایب سیستم WFM

• سیستم گردش کار تنها یک نوع ابزار مسیریابی است که بر جنبه‎‌های عملیاتی متمرکز است. در واقع تمرکز آن تنها روی فرآیندهای کاری است نه محتوای فعالیت‎‌ها و وظایف. یعنی صرفاً انتقال داده‌‎ها طبق روال‎‌ها و قواعد از پیش تعیین شده بدون انجام هیچ‎‌گونه تجزیه­وتحلیلی روی داده‎‌ها انجام می‎­شود.
• رویکرد وظیفه‌‎ای دارد؛ نه فرآیندی.
• امکان برقراری ارتباط با پایگاه‎‌های داده­ی سیستم‎‌های دیگر به­راحتی و سادگی امکان‎‌پذیر نیست.
• همراه سیستم گردش کار، سیستم‌‎های فرم‎‌ساز و گزارش‎‌ساز هم باید تهیه شود. چرا­که سیستم گردش کار به تنهایی دارای محیط فرم‌‎ساز و گزارش‎‌ساز نیست.
• قواعد کاری ساده را پوشش می‎‌دهد.
• یکپارچه‌‎سازی آن محدود است.
• محیط طراحی فرآیند و فرم‎‌ها، دارای استاندارد جهانی نیست و برای این عملیات، حتماً، باید از متخصصین خبره برنامه‎‌نویس استفاده کرد.
• عدم کاربرپسندی محیط طراحی فرآیند به دلیل استفاده از کدنویسی‎‌های طاقت­فرسا و زمان‎بر.
• امکان اعمال تغییرات و بهبود فرآیندها به راحتی امکان‎‌پذیر نیست.
• محدود بودن امکانات کنترلی و مدیریتی مدل‌سازی و طراحی فرآیند.
• عدم سهولت و سادگی در عملیات بهبود فرآیندها پس از اجرای آ­­ن­ها.
• قابلیت اخذ گزارشات کنترلی و مدیریتی آن در حد مقدماتی و محدود است.
• عدم پشتیبانی از دو نسخه از یک گردش کار
• عدم توانایی در پایش اطلاعات