در کتاب حجر فقها معتقدند ولایت بر طفل به اشتراک با پدر و جد پدری است و مادر نسبت به اداره اموال فرزند خود هیچ سمتی ندارد [57]. در کتاب نکاح نیز فقها در مورد عدم ولایت سایر بستگان بجز مادر و جدمادری هیچ اختلافی ندارند اما در مورد مادر و جدمادری اختلافاتی وجود دارد، هرچند اکثر فقهای امامیه قائل به عدم ولایت مادر و جد مادری هستند[58]. سوالی که در مورد ولایت بر کودکان و تغییر جنسیت می ­تواند مورد بحث قرار گیرد این است که هر که پدری که ولی کودکان محسوب می­شود اقدام به تغییر جنسیت نمایند آیا پس از اینکه به جنسیت مخالف درآمد باز هم بر کودکان خود ولایت دارد یا خیر؟ دیگر اینکه هرگاه مادری که دارای فرزند صغیری است که پدر و جد پدری ندارد با تغییر جنسیت تبدیل به مرد شود آیا پس از تغییر وی می­توان قائل به ثبوت حق ولایت برای او شد یا نه؟ بنابراین در این مسأله می­توان دو حالت تصور کرد که به ذکر هر کدام می­­پردازیم: حالت اول: پدری که دارای حق ولایت است با تغییر جنسیت، زن شود. در رابطه با این حالت دو نظریه وجود دارد. نظریه اول: چنان­چه جنسیت پدر به واسطه تغییر جنسیت به زن تغییر پیدا کند ولایت او بر کودکان ساقط می­شود. از میان فقهایی که به این مسأله پرداخته­اند، حضرت امام خمینی (ره) این نظریه را پذیرفته­اند و ایشان در تحریرالوسیله می­فرمایند: ظاهر آن است که هرگاه مردی که ولی است با تغییر جنسیت زن شود ولایتش بر کودکان نابالغ ساقط می­شود[59]. و دلیل این گروه هم این است که تغییر جنسیت پدر به زن باعث می­شو، عنوان پدری بر او صدق نکند و به این دلیل ممنوع از تصرف در اموال مولی علیه می­گردد و در نهایت ولایت قانونی او ساقط می­گردد، قانون مدنی نیز در مواد 1181 و 1182 به صراحت ولایت را منحصر در پدر و جد پدری دانسته است[60]. نظریه دوم: چنان­چه جنسیت پدر بواسطه تغییر جنسیت به زن تغییر یابد ولایت او بر فرزندانش همچنان باقی می­ماند. دلیلی که در تأیید این نظریه بیان شده از این قرار است: برای صدق عنوان پدری همین که فرزند از منی شخص بوجود آمده باشد کفایت می­ کند و حتی نیاز به نزدیکی هم نیست از این روست که فرزند متولد از تلقیح مصنوعی به صاحب نطفه منسوب می­شود و حکم نیز حقیقتاً بر زن فعلی صدق می­ کند، از بابت صدق مشتق بر کسی است که به مصدر این مشتق، الان           است زیرا اگر فرزندان این فرد بگویند پدر ما همن زن است جز اینکه وی پیش از این مرد بوده، سخن ایشان از جهت صحت کاملاً صحیح است و کسی نمی­تواند آن را انکار کند[61]. حالت دوم: هرگاه مادر با تغییر جنسیت تبدیل به مرد شودو پدر و جد پدری نیز در قید حیات نباشد. یا به عللی حق ولایت ایشان ساقط شده باشد. امام خمینی (ره) در تحریر الوسیله در ادامه مسأله ششم از مسائل تغییر جنسیت درباره فرض مورد بحث می­فرمایند: هرگاه جنس زن به مرد تغییر یابد ولایت برای او بر فرزندان نابالغش ثابت نمی­گردد و ولایت فرزندان بر فرض نبود پدر با جد پدری و در صورت فقدان هر دو یا حاکم است[62]. دلیل قائلین به این نظر از این قرار است که: بنابه روایاتی که در باب ولایت وجود دارد، ولایت بر صغار برای عنوان پدر ثابت است و مادر با تغییر جنسیت به مرد، منصف به این عنوان نمی­ شود زیرا همان­طور که در نظریه دوم از حالت اول بیان شد پدر، کسی است که فرزند از منی او بوجود آمده است و زنی که سابقاً فرزند را حامله شده است و مادر او بوده به صرف تغییر جنسیت به مرد، تبدیل به پدر نمی­ شود تا به تبع پذیرش این عنوان قائل به حدوث ولایت برای او شویم[63].

بند چهارم: تغییر جنسیت و حضانت فرزندان