این محکمه بر اساس منشور محکمه نظامی بین المللی برای محاکم جنایتکاران اصلی جنگی صورت می گرفت که این منشور پیوست توافق نامه لندن به تاریخ 18 اوت 1945 بود، این محکمه که گاهی آن را اولین محکمه کیفری بین المللی از نوع خود دانسته اند، مجرمان اصلی را در جبهه اروپا محاکمه می کرد و از هشت عضو تشکیل می شد، یعنی هر یک از چهار کشور امریکا، انگلستان، فرانسه و شوروی یک عضو اصلی و یک عضو علی البدل برای  محکمه معرفی کرده بودند، کیفر خواستها علیه 29 نفر افسر نظامی عالی رتبه صادر شد، اولین جلسه محکمه در 4 نوامبر 1945 برگزار و پس از 216 روز فعالیت آخرین جلسه در 31 اوت 1945 تشکیل شد طی 402 جلسه علنی شهادت 33 شاهد از سوی تعقیب کنندگان و 80 شاهد از سوی متهمان توسط محکمه استماع گشت که 19 تن از شهود خود متهمان تشکیل می دادند. محکمه 12 حکم اعدام، سه حکم حبس ابد، دو حکم 20 سال حبس، یک حکم 15 سال حبس، یک حکم 10 سال حبس و نیز 3 حکم برائت صادر کرد. گفتار دوم: محکمه توکیو محکمه نظامی بین المللی برای خاور دور ناشی از منشور توکیو بود که به پیوست اعلامیه ژنرال مک آرتور بر اساس منشور لندن تهیه شده بود، محکمه توکیو نیز مانند محکمه نورنبرگ فقط راجع به مجرمان اصلی جنگ بود. در این محکمه، برخلاف محکمه نورنبرگ، که در آن چهار وکیل تعقیب کننده از سوی چهار کشورمتفق مشترکا کار صدور کیفر خواستها را انجام می دادند، در این محکمه کیفر خواستها ازطریق یک وکیل منحصر به فرد به انتخاب ژنرال مک آرتور ولی به نمایندگی از سوی یازده کشور امضاء کننده شرائط تسلیم ژاپن یعنی (کشورهای استرالیا، کانادا، چین، فرانسه، انگلستان، هندوستان، هلند، نیوزیلند، فیلیپین، شوروی و امریکا) انجام می گرفت. قضات نیز توسط مک آرتور از بین نامزدهای پیشنهادی از سوی یازده دولت مذکور انتخاب می شدند. در 29 آوریل 1946 کیفر خواستی علیه 28 نفرژاپنی صادرشد که در میان متهمان چهار نخست وزیر، چهار وزیر امور خارجه، پنج وزیر جنگ و تعدادی افراد دیگر وجود داشتند. ولی به دلائل سیاسی هیچ کیفر خواستی علیه شخص امپراتور ژاپن یعنی هیر و هیتو(Hiro Hito) صادر نشد . محکمه در 3 می 1946 در توکیو آغاز به کار کرد و در 4 نوامبر 1948 رای خود را صادر کرد. ظرف این مدت شهادت 419 شاهد استماع شد و 779 شهادت نامه کتبی مورد رسیدگی قرار گرفت. متهمان به شرح زیر محکوم شدند: 7 نفر محکوم به اعدام، 16 نفر به حبس ابد، یک نفر به 20 سال، یک نفر به 7 سال حبس و 3 نفر هم تبرئه شدند. در مقایسه بین دادرسی و احکام محاکم نورنبرگ و توکیو، معمولا رویه محکمه نورنبرگ را عادلانه تر از محکمه توکیو دانسته زیرا محکمه توکیو کاملا تحت نفوذ ژنرال مک آرتور وملاحظات سیاسی وی قرار داشت.[61] گفتار سوم: مقایسه نهائی فیمابین محاکم نورنبرگ و توکیو «در پایان اجازه می خواهم با توجه به ذکر چگونگی دادرسی و اجرای دو محکمه و جمع آوری اطلاعات از شروع محاکمه تا پایان آن و تنظیم جدول اطلاعات زیرین به مقایسه دو محکمه بپردازم.