در مورد مأمورین حفاظت و اطلاعات ناجا همواره بحث هایی در خصوص ضابط دادگستری محسوب گشتن و یا نبودن مطرح بوده است . در مجموعه نشست های قضایی نظرات زیر مطرح شده : نظریه اکثریت : سازمان حفاظت اطلاعات ناجا مطابق قانون نیروی انتظامی ، سازمانی است مستقل که در کنار سازمان عقیدتی و سیاسی زیر نظر مستقیم رهبری انجام وظیفه می نماید . مطابق قانون ناجا ، تمامی وظایفی را که سازمان حفاظت اطلاعات ارتش دارد این حفاظت نیز دارا می باشد پس با توجه به آن که اطلاق نیروی انتظامی به عنوان ضابط عام قوه قضائیه شامل سازمان حفاظت اطلاعات هم می شود و نیز با توجه به این که در خصوص جرایم نیروهای مسلح وظیفه دارد که حتی در جرایم مشهود این نظامیان وارد شده و اقدامات لازم را انجام بدهد ، قوه قضائیه محسوب می شود . نظریه اقلیت : سازمانی است مستقل از نیروی انتظامی و تصریحی بر ضابط بودن آن هم وجود ندارد. نظریه کمیسیون : با توجه به ماده 5 قانون ناجا مصوب 69 سازمان حفاظت و اطلاعات ناجا سازمانی مستقل و متمرکز است که وظایف آن اجرای بند 25 ماده 4 قانون مزبور ( تلاش مداوم و مستمر در جهت حفظ و صیانت سازمان در زمینه های امنیتی ) می باشد . پس سازمان یاد شده از اطلاق بند « 1 » ماده 15 قانون آیین دادرسی دادگاه ی عمومی و انقلاب در امور کیفری مصوب 1378 خارج بوده و ضابط قوه قضائیه محسوب نمی شود مگر در مورد جرایم امنیتی موضوع تبصره « 1 » ماده 5 قانون ناجا ناظر بر ماده 16 قانون استخدامی ارتش که در محدوده وظایف و مأموریت های محوله قانونی با رعایت مقررات قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور کیفری ضابط تلقی می گردد .(سازمان قضایی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران،1385،24) با این توضیحات و در مجموع با اخذ این روش عملاً ناجا برخلاف وظیفه ی ذاتی خود و حکم قانون قدم بر می دارد ، در کنار آن اعطای اختیاراتی در عرض صلاحیت مراجع قضایی نیز باعث بروز مشکلات عدیده در انجام وظایف خصوصاً در مرحله ی تحقیقات مقدماتی و اجرای حکم شده است لذا با تدوین مقرراتی کامل و جامع که صلابت دستگاه قضا و پرسنل وابسته به آن را در پی دارد ، در جهت اجرای صحیح عدالت قدم برداشته تا از تشتت آراء و عقاید مختلف در زمینه قضایی جلوگیری شود. گفتار دوم -تعدد محاکم رسیدگی کننده به جرایم ضابطان دادگستری نقش ضابطان دادگستری همواره بعد از وقوع جرم ظاهر می شود. در فاصله ی زمانی وقوع جرم و یا شروع به آن تا مرحله ی صدور حکم و اجرای کامل آن رابطه بین ضابطان دادگستری با مراجع قضایی برقرار می شود . ویژگی خاصی که در خصوص ارتکاب جرایم توسط ضابطین دادگستری به چشم می خورد آن است که مرتکب از نظر رابطه ی استخدامی عضویت نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران را دارا است و قانوناً نظامی محسوب می شود و از طرفی به تبع انجام و ظیفه در مقام ضابط دادگستری تحت امر مقام قضایی است . بنا به اصل یکصد و هفتاد و دوم قانون اساسی که بیان می دارد : برای رسیدگی به جرایم مربوطه به وظایف خاص نظامی یا انتظامی اعضای ارتش ، ژاندارمری ، شهربانی و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ، ضابط دادگستری مرتکب شوند در محاکم عمومی رسیدگی می شود . تبصره 2 ماده 1 قانون دادرسی نیروهای مسلح مصوب 1364 : جرایمی که در مقام ضابط دادگستری مرتکب شده باشند در محاکم عمومی رسدیگی می شود . به نظر می رسد اهداف مقنن از ارجاع رسیدگی به جرایم در مقام ضابط به دادگستری ، اطلاع قضات دادگستری از جرایم مأموران ضابط و دقت در ابلاغ دستورات بعدی به منظور جلوگیری از حوادث مشابه در آینده بوده است اما در عمل به دلیل حجم زیاد پرونده های ورودی به دادسراها و کاهش کیفیت رسیدگی و محدودیت ها برخورد با ضابطین در شهرهای کوچک توسط قضات ، عملاً این اهداف محقق نشده و این امر موجب تجری برخی از مأموران گردیده است . جرایم عمومی ضابطان دادگستری که ماهیتاً نظامی محسوب نمی شوند و در حین انجام وظیفه ی ضابطیت به وقوع می پیوندد با توجه به قانون آیین دادرسی کیفری و قانون مجازات موارد زیر را شامل می شود : 1 –  مسئولیت ناشی از تخلف اجرای دستورات مقام قضایی به موجب مواد 16 ، 42 و 284 قانن آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور کیفری که مقرر می دارد : ماده 16 : ضابطین دادگستری مکلفند دستورات مقام قضایی را اجرا کنند در صورت تخلف به سه ماه تا یک سال انفضال از خدمت دولت و یا از یک تا شش ماه حبس محکوم خواهند شد. ماده 42 :  مقامات رسمی و ضابطین دادگستری موظفند دستورات دادرسان و قضات تحقیق را فوری به موقع اجرا گذاردند ، متخلف از این ماده به مجازات مقرر در قانون مجازات اسلامی محکوم خواهد شد . ماده 284 : کلیه ضابطین دادگستری و نیروهای انتظامی و رؤسای سازمان های دولتی و وابسته به دولت و یا مؤسسات عمومی در حدود وظایف خود مکلفند دستورات مراجع قضایی را در مقام اجرای احکام رعایت کنند . تخلف از مقررات این ماده علاوه بر تعقیب اداری و انتظامی مستوجب تعقیب کیفری برابر قانون مربوط می باشد . از نظر کلی اجرای دستورات مقام صالح قضایی که به منظور احقاق حق ، فصل خصومت و کشف واقع صادر می شود یک اصل است و در مقابل عدم اجرای دستور نیازمند توجیه قانونی می باشد و مستنکف اجرای دستور باید علت و دلیل عدم اجرای آن را ارائه نماید و ارائه دلیل نیز موجب رفع مسئولیت کیفری نخواهد بود . نظم عمومی نیز ایجاب می نماید که قواعد و مقررات آمره فوراً توسط مأمور اجرا شود چرا که بنا به مفاد ماده ی 15 قانون آیین دادرسی کیفری ضابطین مأمورینی هستند که تحت نظارت و تعلیمات مقام قضایی در کشف جرم و جمع آوری آثار و دلایل و ….. به موجب قانون اقدام می نمایند و این الزام قانونی تحت امر بودن نشان دهنده ی الزام آور بودن قوانین و مقررات مربوط به نظم عمومی و سلسه مراتب اداری است . 1 – مسئولیت ناشی از عدم گزارش یا گزارش خلاف واقع به مقامات ذیصلاح در قانون آیین دادرسی کیفری دادگاه عمومی و انقلاب در امور کیفری مقررات صریحی در خصوص گزارش خلاف واقع توسط ضابطان دادگستری وجود ندارد فقط تبصره 2 ماده 129 این قانون بیان داشته: تخلف مأمورین ابلاغ در انجام وظایف خود و یا گزارش خلاف واقع آنان در امور مربوط به وظایفشان مشمول مجازات مقرر قانونی خواهد بود . در قانون مجازات اسلامی ماده 711 مقرر می دارد : هر گاه یکی از ضابطین دادگستری و سایر مأمورین صلاحیت دار از وجود اماکن مذکور در مواد 704 و 705 و 708 یا اشخاص مذکور در ماده 710 مطلع بوده و مراتب را به مقامات ذیصلاح اطلاع ندهند یا برخلاف واقع گزارش نمایند در صورتی که به موجب قانونی دیگر مجازات شدیدتری نداشته باشد به سه تا شش ماه حبس یا تا 74 ضربه شلاق محکوم می شوند . اماکن ذکر شده در این ماده قمارخانه ها و امکنه ی معد برای صرف مشروبات الکلی می باشد . 3 –  مسئولیت ناشی از تأخیر در انجام دستورات مقام قضایی ماده 20 قانون آیین دادرسی دادگاه های عمومی و انقلاب در امور کیفری مقرر داشته است : ضابطین دادگستری مکلفند . در اسرع وقت و در مدتی که مقام قضایی تعیین می کند نسبت به انجام دستورات و تکمیل پرونده اقدام کنند چنانچه به هر علت اجرای دستور یا تکمیل میسر نگردد موظفند در پایان هر ماه گزارش آن را با ذکر علت به مقام قضایی ذیربط ارسال نمایند . متخلف از این امر به مجازات مقرر در ماده ( 16 ) این قانون محکوم خواهد شد . 4 –  مسئولیت ناشی از عدم استماع شکایات محبوسین غیر قانونی ماده 572 قانون مجازات اسلامی مقرر داشته است : هر گاه شخصی برخلاف قانون حبس شده باشد و در خصوص حبس غیر قانونی خود شکایت به ضابطان دادگستری یا مأمورین انتظامی نموده و آنان شکایت او را استماع نکرده باشند و ثابت ننمایند که تظلم او را به مقامات ذیصلاح اعلام و اقدامات لازم را معمول داشته اند به انفصال دائم از همان سمت و محرومیت از مشاغل دولتی به مدت سه تا پنج سال محکوم خواهند شد .