راجع به مبنای مصونیت کشتی های جنگی نظرات مختلفی اظهار شده است. بعضی ها کشتی جنگی را جزئی از خاک دولت صاحب پرچم محسوب می کنند. بعضی دیگر مبنای مصونیت کشتی جنگی را اصل حاکمیت دولتها می دانند چون کشتی جنگی جزء قوای مسلح و مظهر حاکمیت دولت  است باید از حاکمیت دولت دیگر مصون باشد. به عقیده عده ای دیگر مبنای مصونیت کشتی جنگی اصل ضرورت آزادی عمل دولت صاحب کشتی در مورد کشتی و کارکنان آن می باشد. امروزه مصونیت لزوماً به معنای معافیت مطلق کشتی جنگی از حاکمیت قوانین دولت ساحلی نیست، به همین دلیل تشریفات استرداد برای پناهنده رعایت نمی شود و از طرف دیگر قوانین در بعضی موارد نسبت به کشتیهای جنگی اجراء می گردند. مثلاً کشتیهای جنگی از لحاظ مقررات مربوط به کشتیرانی و توقف و بهداشت عمومی تابع قوانین دولت ساحلی هستند و در صورتیکه این مقررات را رعایت نکنند دولت ساحلی حق دارد به فرمانده کشتی اخطار کند که از آبهای آن دولت خارج شود. استفاده از اصل مصونیت موکول به اینست که کشتی جنگی به طریق عادی و با رعایت مقررات دولت ساحلی وارد آبهای داخلی یک کشور شده باشد. مصونیتهای جنگی معمولاً عبارتند از: مصونیت از توقیف و اقدامات انتظامی و گمرکی و مصونیت قضایی. مصونیت قضایی شامل دو قسمت است: مدنی (حقوقی) و کیفری الف: مصونیت مدنی (حقوقی) دعاوی مدنی مربوط به کشتی جنگی از قبیل دعوی مطالبه خسارت ناشی از تصادم و یا مطالبه هزینه نجات و غیره علیه کشتی جنگی را نمی‌توان در دادگاه محلی اقامه نمود و تنها دادگاه دولت صاحب پرچم برای رسیدگی به این دعاوی صالح می باشند. دعاوی مربوطه به افسران و کارکنان کشتیهای جنگی که مربوط به وظائف رسمی آنها نباشد در صلاحیت دادگاه بندر است مشروط بر این که تعقیب لطمه ای به کار کشتی نزند. هر گاه اقدامات افسران و کارکنان برای انجام وظایف باشد دادگاه دولت ساحلی فقد صلاحیت رسیدگی در مورد کشتی و کارکنان آن است. تنها راه اقدام برای اشخاص زیان دیده این است که به دولت متبوع خود مراجعه تا این دولت از طریق سیاسی اقدامات لازم به عمل آورد. طبق قرارداد بروکسل 1926 اشخاص زیان دیده از عمل یک کشتی جنگی می توانند برای احقاق حق خود در موارد ذیل به محاکم دولت صاحب پرچم مراجعه کنند: 1- برای دعاوی ناشی از تصادم و سایر حوادث کشتیرانی. 2- برای دعاوی مربوط به نجات کشتی و خسارت عمومی (مشترک). 3- برای دعاوی مربوط به جبران خسارت و ملزومات و سایر قراردادهای مربوط به کشتی.   ب: مصونیت کیفری از نظر کیفری باید بین دو نوع از جرائم، یکی جرائمی که در کشتی ارتکاب می یابند و دیگر جرائمی که در خارج از کشتی واقع می شوند تفاوت قائل شد: نسبت به جرائم دسته اول که در کشتی ارتکاب یافته اند طبق قطعنامه مؤسسه حقوق بین الملل در سال 1928 ، دادگاه کیفری دولت ساحلی صلاحیت رسیدگی ندارند زیرا کشتی جنگی از اقدامات جبری و قهری دولت خارجی مصون است. تنها موردی که این دادگاه صلاحیت دارد موردی است که فرمانده کشتی بنا به تقاضای دولت ساحلی و یا به میل خود مرتکب جرم را به مقامات آن دولت تسلیم نماید. اگر کسی در کشتی جنگی یک دولت خارجی واقع در آبهای داخلی یک کشور مرتکب جرمی شده باشد و در اختیار مقامات صلاحیت دار دولت ساحلی قرار گیرد، در این صورت دادگاه های دولت ساحلی صالح هستند این صلاحیت در عمل ممکن است به صورتهای مختلف مطرح شود. به عقیده بعضی از حقوقدانان در صورتی  که مرتکب جرم جزء کارکنان کشتی جنگی باشد از لحاظ اینکه دولت صاحب پرچم کشتی باید نظارت و حاکمیت کامل بر کشتی و کارکنان آن داشته باشد دادگاه های آ‹ کشور صلاحیت انحصاری دارند و این صلاحیت حتی اگر مرتکب جرم از اتباع دولت ساحلی ولی از کارکنان کشتی جنگی باشد نیز اجراء می شود. رویه دولتهای آمریکا و انگلیس نیز مبتنی بر این قاعده است. هرگاه مرتکب جرم و مجنی علیه از کارکنان کشتی جنگی نباشند اصولاً دادگاه های دولت ساحلی صلاحیت رسیدگی دارند ولی اجرای این صلاحیت مشروط به این است که مرتکب از طرف فرمانده کشتی به مقامات این دولت تسلیم گردد. در صورتی که مرتکب جرم جزء کارکنان کشتی نباشد ولی مجنی علیه از کارکنان کشتی باشد به عقیده اکثر حقوقدانان در این